2008, Takaki, jeune informaticien bientôt trentenaire vit une existence banale et monotone à Tokyo. Parfois, lui reviennent les bribes d’un temps où il était différent, enjoué, passionné par l’espace, curieux de la vie et des autres. Il se souvient de l’année 1991 et de sa rencontre à l’école avec celle qui devient très vite son alter ego, Akari. La vie les éloigne mais malgré la séparation et les années, malgré les occasions ratées, un lien invisible les unit…

Rémi ne s’est jamais remis de sa dernière séparation. Depuis, il s’est mis en couple avec une poupée, c’est plus simple. Elle s’appelle Audrey. Le jour où Patricia, une nouvelle collègue, arrive dans l’entreprise de Rémi, Audrey va mystérieusement prendre vie.

1889. Envoyée dans un village de la campagne française, l’institutrice Louise Violet doit y imposer l’école de la République (gratuite, obligatoire et laïque). Une mission qui ne la rend populaire ni auprès des enfants… ni auprès des parents.

Quatre ans se sont écoulés, Peter, désormais adulte, vit seul, s'est volontairement effacé de la vie et des souvenirs de ses proches. Luttant contre le crime dans un New York qui ne le reconnaît plus, il se consacre entièrement à la protection de la ville - un Spider-Man à plein temps - mais à mesure que les responsabilités s'intensifient, la pression provoque une transformation physique surprenante qui menace son existence, tandis qu'une étrange nouvelle vague de crimes donne naissance à l'une des menaces les plus redoutables qu'il ait jamais affrontées.

Kengo Kosaka, un jeune homme solitaire, est atteint de mysophobie. Hijiri Sanagi, une lycéenne, est atteinte de scopophobie. Ils pensent être condamnés à une vie solitaire, mais leurs phobies vont les rapprocher l'un de l'autre.